Năm 1383, ông lên ngôi sau cuộc tranh chấp khốc liệt giữa phe chủ chiến và chủ hòa trong chiến tranh Nam - Bắc triều, khi anh trai là Thiên hoàng Chōkei vừa thoái vị ít ngày.

Là người chủ trương hòa bình, ông và Shogun Yoshimitsu chủ trương đánh dep các gia tộc chống đối để tiến tới thống nhất đất nước. Dưới thời ông, Shogun Yoshimitsu xác lập một mức thuế ruộng thống nhất là tansen (tức "đoạn tiền", 1 tansen = 991,7 m2) đánh vào ruộng đất để có tiền xây dựng cung điện đền đài, sửa sang Thần cung Ise, nơi tế tự của hoàng tộc. Shogun còn tước dần quyền thu các thuế ruộng và thuế nóc gia, nắm quyền cảnh sát và thủ bị kinh đô Kyôto[1].

Năm 1390 - 1391, Shogun đánh dẹp xong các cuộc nổi loạn của gia tộc Toki, Yamana Ujikiyo; khiến quyền lực ngày càng tăng mạnh, lấn át cả Thiên hoàng.

Ngày 15/10/1392, dưới sự trung gian của Shogun Yoshimitsu thì Go-Kameyama tuyên bố thoái vị, nhượng vị cho Thiên hoàng Go-Komatsu của Bắc triều[2]. Hai triều đình Nam Bắc đã thống nhất dưới sự trị vì chung của Thiên hoàng Go-Komatsu.